หมู่บ้านญี่ปุ่น (Japanese Village) ก่อตั้งขึ้นประมาณคริสต์ทศวรรษ 1300 อยู่บนฝั่งตะวันออกของแม่นํ้าเจ้าพระยา ตรงข้ามกันกับหมู่บ้านโปรตุเกส ซึ่งเป็นที่ตั้งของชุมชนชาวต่างชาติที่เดินทางมาค้าขายในสมัยนั้น และได้รับพระราชทานที่ดินตั้งชุมชนบ้านเรือนอยู่บริเวณใกล้เคียงกัน แรกเริ่มเดิมทีที่นี่เป็นเพียงชุมชนเล็กๆ ของพ่อค้าเรือสำเภาชาวญี่ปุ่น
ภายในหมู่บ้านสันนิษฐานว่ามีชาวญี่ปุ่นอาศัยอยู่ 3 กลุ่มด้วยกัน ได้แก่ กลุ่มพ่อค้าที่เข้ามาทำมาค้าขาย กลุ่มโรนิน ที่เข้ามาเป็นทหารอาสาในอยุธยา และกลุ่มชาวญี่ปุ่นที่นับถือศาสนาคริสต์ ที่ต้องเดินทางออกจากญี่ปุ่นเพื่อเสรีภาพในการนับถือศาสนา คาดกันว่าชาวญี่ปุ่นที่อาศัยอยู่ในชุมชนนี้ มีอยู่ประมาณ 1,000 -1,500 คน
ผู้นำ และหัวหน้าหมู่บ้านญี่ปุ่นสมัยนั้นคือ ยามาดะ นางามาซะ (Yamada Nagamasa) ซึ่งเดินทางเข้ามายังกรุงศรีอยุธยาในรัชสมัยพระเจ้าทรงธรรม จนได้จัดตั้งกองทหารอาสาญี่ปุ่น และมีบทบาทในการช่วยปราบปรามกบฎ ตลอดจนเชื่อมสัมพันธ์ทางการค้าระหว่างไทย และญี่ปุ่น จนได้รับแต่งตั้งเป็นออกญาเสนาภิมุข ซึ่งท่านได้รับการยกย่องในความซื่อสัตย์จงรักภักดีต่อพระมหากษัตริย์ ภายหลังยังได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าเมืองนครศรีธรรมราช จวบจนสิ้นชีวิต
ปัจจุบันหมู่บ้านญี่ปุ่นได้รับการจัดตั้งขึ้นเป็นพิพิธภัณฑ์หมู่บ้านญี่ปุ่น เป็นศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยา จัดตั้งขึ้นโดย สมาคมไทย – ญี่ปุ่น ร่วมมือกับนักวิชาการไทย และนักวิชาการญี่ปุ่น เพื่อรำลึกถึงชาวญี่ปุ่นผู้มีบทบาทสำคัญ และมีความจงรักภักดีต่อราชสำนักสมัยกรุงศรีอยุธยา อีกทั้งเพื่อให้เป็นอนุสรณ์แห่งหมู่บ้านญี่ปุ่นเดิม
ด้านใน แบ่งออกเป็น 9 ส่วน ได้แก่
1. ห้องวีดีทัศน์
2. แผนที่เดินเรือมายังกรุงศรีอยุธยา
3. แผนที่และภาพถ่ายทางอากาศ
4. ห้องจัดแสดงใต้ท้องเรือ
5. ห้องจัดแสดงเรื่องราวของชุมชนชาวต่างชาติในกรุงศรีอยุธยา
6. ห้องจัดแสดงเรื่องราวของชุมชนชาวญี่ปุ่นในพระนครศรีอยุธยา
7. ลำดับเหตุการณ์ความสัมพันธ์ไทย – ญี่ปุ่น
8 ห้อง e-book
9. เรือโบราณจำลอง
การเข้าชมที่นี่จะเสียค่าเข้าชมคนละ 50 บาท ใครอยากแต่งชุดยูคาตะ หรือชุดกิโมโนเข้าไปถ่ายภาพด้านในก็ได้ มีชุดให้เช่าอยู่ที่อาคาร 1 ด้วย ชุดกิโมโน ให้เช่า 200 บาท/ชั่วโมง ชุดยูคาตะ ค่าเช่า 100 บาท/ชั่วโมง ภายในอาคารนี้ มีห้องแสดง แสง สีเสียง แบบมัลติมัลเดีย
ภายในหมู่บ้านญี่ปุ่นมีมุมสวยๆ บรรยากาศญี่ปุ่นมากมาย โดยเฉพาะโซนสวนญี่ปุ่นที่ออกแบบโดยนักออกแบบสวนชาวญี่ปุ่นชื่อดัง นายฮิโรฮิสะ นาคาจิมา เป็นผู้มีผลงานระดับนานาชาติ
ภายในอาคาร 2 ยังมีจัดแสดงหุ่นขี้ผึ้งของบุคคลที่มีชื่อเสียง และเป็นที่รู้จักมากสำหรับคนไทยในยุคที่ละครเรื่อง บุพเพสันนิวาส กำลังดัง ก็คือ แม่มะลิ หรือ มารี กีมาร์ (Marie Guimar) สตรีผู้ครองตำแหน่ง ท้าวทองกีบม้า ราชินีขนมไทย ชาวอยุธยา ลูกครึ่งเชื้อสายโปรตุเกส-ญี่ปุ่น อาศัยอยู่ในหมู่บ้านโปรตุเกสต่อมาได้สมรสกับออกญาวิชาเยนทร์ หรือ คอนสแตนติน ฟอลคอน ต่อมาได้เข้ารับราชการในตำแหน่งท้าวทองกีบม้า หัวหน้าพนักงานวิเสทกลาง(ครัว) ดูแลของหวานแบบเทศ และได้รับการยกย่องว่าเป็นต้นตำรับขนมตระกูลทอง ไม่ว่าจะเป็น ทองหยิบ ทองหยอด ฝอยทอง ซึ่งได้รับอิทธิพลมาจากอาหารของโปรตุเกสนั่นเอง
ข้อมูลหมู่บ้านญี่ปุ่น
ที่ตั้ง : ตำบลเกาะเรียน อำเภอพระนครศรีอยุธยา จังหวัดพระนครศรีอยุธยา
พิกัด : https://goo.gl/maps/BEdjdJDXdhksoKZ89
โทร : 0-3525-9867
เว็บไซต์ : www.japanesevillage.org/th